表面上，花菱薰（保志总一朗 配音）是一个普通的少年，但在年幼时，薰有着非常悲惨的身世。薰的父亲是声名显赫的花菱财阀的掌门，而母亲只是一介平民，为此，母亲受了不少的苦，甚至遭到了逐出家门的无情命运。为此，薰一直耿耿于怀，最终选择离开了庞大的家族独自生活。　　这天，一个名叫樱庭葵（川澄绫子 配音）的

　　皇缠（诹访彩花 配音）是一名平凡的初中二年级女生，从小就离开了父母，和祖父母过着相依为命的生活，皇缠因此格外渴望亲情，也渴望着看似一成不变但实际上充满了小确幸的平静生活。草薙由麻（大空直美 配音）是皇缠的好友，同时也是身上流淌着巫女血脉的巫女候补，肩上背负着沉重的责任。    

　　藤原豆腐店的日常业务是，要在每天早晨把新鲜的豆腐送到各家各户，这个任务自然不是由懒惰的老板来做，而是落到了他的儿子——还是高中生的藤原拓海（三木真一郎 配音）身上。驾驶着老爸的旧款车AE86行驶于秋明山上的拓海日积月累练就了一手好车技，不管刮风还是下雨，都能做到不让水杯里的水撒出来不让豆腐变形，

　　曾经，小林三平（喜多村英梨 配音）和一位少女有着一个浪漫的约定，一晃眼十年过去，虽然两人此刻早已天各一方，但小林从未忘记过这段美好的回忆，并且时刻希望能够再度获得这位少女的音信。　　某个平平无奇的早晨，当小林睁开眼睛时，却发现一个红衣绿发的机器人出现在自己的身边，机器人名叫可美克（斋藤千和 配音

　　POLYPHONICA是一个被称为“精灵”的生命也存在的异世界。与地球上存在的世界同属于平行世界，从地球被POLYPHONICA大陆传唤的人类也在这个世界生活。POLYPHONICA大陆的科学水平是地球的现代～近未来的水准，与地球现代科学产物同样的东西也基本存在以外，所谓的未来城市也一样存在。与

　　精灵和人类，以及神曲。　　只是以这三个部分所组成世界“POLYPHONICA”为背景的故事。人与精灵共存，同时精灵也拥有着力量，两者所生活的大陆——POLYPHONICA。人们依赖着精灵所带来的奇迹，精灵也以人类所奏的音乐为食量，在这个世界所有的物质以及一切地方发挥着她们的力量。精灵被音乐家所弹

　　故事发生在名为宫神学园的私立高中内，在这所学校里，存在着一个权利凌驾于教职员之上的学生会组织，名叫极上生徒会，在这所以学生为中心运作的学校里，极上生徒会不仅要维系学校正常的运作，还要解决发生在校园里的大大小小的麻烦。　　兰堂梨乃（田村由香里 配音）是刚刚转来宫神学园的转校生，哪知道竟然在误打误撞

　　市丸恭介（真殿光昭 配音）是一个外表和内心都十分朴素的青年，目前就职于一所高中担任物理老师的职务。虽然个性有些木讷害羞，每天都过着两点一线的枯燥生活，但是恭介在教员和学生之间却有着意外高昂的人气。其实，恭介有着一个天大的秘密，他不仅已经结婚，并且，其结婚的对象，居然是在同一学校就读的女子高中生小

　　三年前太空飞船猎户号坠毁学园都市，由此引发了严重的惨剧，而该事件也促成宇宙电梯恩底弥翁（Endymion）的建设。在恩底弥翁接近完工的前夕，上条当麻（阿部敦 配音）和茵蒂克丝（井口裕香 配音）揭示了热爱歌唱的少女鸣护亚丽莎。心怀梦想的亚丽莎经过不断的修业和努力，终于得到了试镜的机会，并有可能在恩

　　延续TV版的主线剧情，继续讲述从战场回来的少女薇尔莉特·伊芙加登为了理解“爱”的含义而从事为有需要的人们写信传情的工作。薇妹一直挂念的少佐的下落大概率会在这部剧场版中讲述。