人類と怪獣との長い戦いは終結し、平和が訪れた。そんな時代に、怪獣の魂を宿し、怪獣の姿に変身できる少女“怪獣娘”たちが現れる。彼女たちを集めて結成された特別組織“ＧＩＲＬＳ”に、新人としてアギラ、ミクラス、ウインダムの3人が配備されることに。立派な怪獣娘になるべく訓練を受けるデコボコトリオの明日は

　　少女们投身战斗 为了重要的同伴！　　一直在相互争斗、来自5个异世界的来访者「Z/X」缔结了休战条约，人类因此回避了灭亡的危机。　　主人公·各务原安昙接受青之世界的命令，与成为其搭档的Z/X·利盖尔一同前往新设的女子学校「富士御崎学园」。　　在这所学园中，她们究竟会遭逢怎样的「命运」？