与冥王哈迪斯惨烈战斗终于结束，世界再次回到光明之中。但对于圣斗士来说，却伤亡何其惨重。黄金圣斗士全部阵亡，星矢虽然在最后的决战中侥幸逃生，却落得五感尽失，形同废人。　　然而，这来之不易的和平却无法持续太久，在经历了撒加叛乱、海神波塞冬、冥王哈迪斯等危机之后，另一支邪恶之手也向人类世界伸来。这便是

　　一颗流星划过东京夜空，随它一同到来的还有希腊神话传说中的黄金苹果。善良的孤儿院女老师绘梨衣与孩子们过着平静的生活，但是她受到黄金苹果的召唤，化身为纠纷女神艾莉丝。为了实现毁灭世界的目的，她绑架了女神雅典娜，并用金苹果将其捆住。随同纠纷女神一同复活的还有矢座魔矢、竖琴座奥菲斯、南十字星古拉特、神盾

　　神话时代，宙斯之子亚伯妄想统治大地，他自称“太阳神”，张扬跋扈不可一世，最终遭到宙斯和阿波罗的抹杀。　　数千年后，亚伯复活，假上天之名欲淹没人类文明，重建众神世界。他邀请雅典娜和其共同统领世界，并用神力复活战死的黄金圣斗士。假意合作的雅典娜试图暗杀亚伯，反被其所害。　　星矢、紫龙、冰河等人来至太

　　遥远的东西伯利亚，北风呼啸，暴雪横飞，这个冬季变得格外漫长，不祥的气息在空气中肆意弥漫。正在此地修炼的冰河，偶然救助一个被人追杀的男子。从他的口中，冰河得知北欧的神之大陆发生巨大变故，神与神的战争一触即发。在此之后，冰河神秘失踪，纱织小姐带领星矢等人拜访了神之大陆的教主多路巴，然而对方顾左右而言

　　不祥之夜，四道邪恶光芒侵入圣域，以迅雷不及掩耳的速度击倒多名黄金圣斗士。来者乃圣魔天使，是堕落天使路西法的手下。神话时代，路西法试图凌驾众神之上，最终被打入魔界。他怀着恐怖罪恶的念头复活，凭借堕入魔界的波塞冬、艾丽丝、阿波罗小宇宙的支持，路西法在世界各地掀起连番灾难，人类命运危在旦夕。为了拯救人

　　明治维新时期，敌我双方为了各自的理想和目标而奋勇厮杀。在此期间，名人志士不断涌现：大久保利通、木户孝允、坂本龙马、冲田总司。维新一派为了推动新时代的到来，不惜采取暗杀的手段，而绯村剑心正是众多刺客的中的一员。孤儿出身的绯村师从比古清十郎学习飞天御剑流剑法，年轻气盛的下山参战，在奇兵队中崭露头角。

　　明治十年，剑心、弥彦、阿薰、左之助一行乘火车来至横滨，甫至此地，便因与几个骚扰年轻女子的外国士兵发生争端，且因此结识了正直的武士时雨泷魁，他们很快成为好朋友。　　时政治格局仍动荡不安，诸多反抗明治的志士不断向政府机关以及外国大使馆发动袭击。而时雨正是所谓“新维新”运动的领导者，明治以前，他曾是佐

　　公元1999年，面临人口,资源,环境各方面危机的人类社会终于为携手开创新时代而实现统一，成立地球联邦政府，并发表人类宇宙移民计划。之后为了保证地球圈的安定与和平，2009年，地球联邦军正式建立。2045年，第1号太空殖民卫星开始动工建造，之后陆续又建起许多殖民卫星，并根据宙域将其划分为SIDE1

　　故事发生在数百年后的公元25世纪，那时，人类的居所早已不在仅限于地球，越来越多的空间跳跃门连接着各式各样的行星。在科技和运输正在高速发展的同时，以经济贸易为幌子的罪恶行径也在滋生，因此而引发的行星之间的战争从未间断。因此，一个维护宇宙秩序的组织“宇宙行星联合会”成立了。 在联合会中，有一个秘密的

　　《JoJo的奇妙冒险OVA第一期》(1993年-1994年，共6话)是根据原作漫画第三部后半部分改编的动画作品，描述发生在埃及的战斗。另外，第二期OVA(2000年-2002年，共7话)改编的是原作漫画第三部前半部分的内容。　　2007年5月25日发售的《JoJo的奇妙冒险 第3部 星尘斗士 D