"　　魔界树篇　　自和黑暗帝国一战后，本应已死的月野兔、水野亚美、火野丽、木野真琴、爱野美奈子和地场卫，在银水晶的帮助下复活，不过他们已经丧失过去作战时的记忆，重新开始平凡的生活。某夜，神秘的大洞出现在十番街，外星人岩和安带着魔界树来到地球，并以兄妹银河星十郎、银河夏美的身份入读十番中

　　小兔她们现在已经升上初三了，战士们为了考上高中，组织了一个读书会，一起到小丽家中温习。素来有灵力的小丽做了一个怪梦，梦见救世主出现，世界毁灭，令她很担心。新的敌人死亡变种开始利用心魔，四处找寻拥有“纯真之心”的人，而那颗纯真之心即是塔利斯曼，集齐三粒塔利斯曼，传说中拥有极强大力量的圣杯就会出现。

　　深夜三时正，睡梦中的小朋友被一阵笛声吸引，起来走到屋外，边唱著"三时之妖精"，边循笛声来到飞船上，待船上载满小朋友后，吹笛的妖精便把飞船驶向天上。　　一日，内部战士们聚集在真琴家中，学弄曲奇饼。三时了，真琴家中的报时钟响起，一只小鸟弹出叫了三下，真琴於是对众人说起三时之妖精的

　　某日，一块神奇的结晶体现身地球，被科学家宇宙翔拾得。与此同时，露娜和亚特密斯大吵了一架之后离家出走，却因病体力不支昏倒在了路上，宇宙翔将虚弱的露娜带回了家，精心照料，露娜渐渐恢复了活力。　　让大家没有想到的是，那块神秘结晶体的本尊，竟然是想要侵略地球的月亮雪公主，现出真身之后，月亮雪公主即刻召集

　　人类文明进入动乱的时代，地球笼罩在战火之下，各大主要城市相继沦陷，人类四散而逃，血流成河。虽然星野铁郎（野沢雅子 配音）破坏了机械化星球，但是机器人与人类的战争仍在继续，并且人类已经到了生死存亡的危急时刻。正值紧要关头，铁郎得到来自梅蒂尔（池田昌子 配音）的信息，要他重新搭乘银河铁道999号。在